音信不通になった父親を探している主人公。

その過程で「ミリタリーオートマタ」の 陵香 りょうか と出会い、「ニアプ」という謎のモンスターが人類を襲っているというひた隠しにされてきた事実を知る。

偶然にも戦闘に巻き込まれた主人公が指揮官の才能が秀でていたことから、人々を守るために戦う秘密組織未確認生物討伐組織：Unidentified creatures Subjugation Organization（通称：USO）に勧誘される。

探している父親が実はUSOの関係者であったことも発覚し、主人公は父親の情報と引き換えに加入を決めた。

組織加入のきっかけとなった陵香が属する「第４部隊」の指揮官に着任した主人公は、様々な業務に忙殺されながらもミリタリーオートマタたちと親しくなっていく。

しかし彼女たちはUSOに属する人間の多くから距離を置かれていた。その理由は人間ではないからというものだった。

幾度となく信頼を裏切られてきたミリタリーオートマタは主人公に対してもよそよそしい態度をとるようになってしまう。

主人公自身も彼女たちとどのようなコミュニケーションをとったらいいのかわからず思い悩みながらも、戦いを通して信頼関係を構築していく。

主人公たちの願いはひとつ。平和な世界を手に入れるために、今日も戦いに身を投じるのだった————